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L'hippocampe pygmée Hippocampe japapigu sp. n.m. est décrit sur la base de trois spécimens, 13.9–16.3 mm SL, prélevés dans un récif mixte de coraux mous et d'algues à 11 m de profondeur sur l'île Hachijo-jima, îles Izu, Japon. Le nouveau taxon partage des synapomorphies morphologiques avec les hippocampes pygmées de l'Indo-Pacifique central précédemment décrits, H. colemani, H. pontohi, H. satomiae et H.waleananus, comprenant une taille extrêmement petite, 12 anneaux de tronc, un anneau cléithral continu fortement surélevé, une épine du museau, une grande épine sur les huitième crêtes latérales et les cinquième et 12 crêtes supérieures du tronc, respectivement, et des saillies inhabituelles en forme d'aile immédiatement derrière la tête. Hippocampe japapigu sp. n.m. se distingue de tous les congénères par la combinaison suivante de caractéristiques dans la zone antéro-dorsale du tronc : des protubérances en forme d'aile appariées bilatéralement formées par une seule paire de grandes épines tronquées se projetant dorso-latéralement sur la première crête supérieure du tronc, suivies d'une élévation unique crête dorsale formée par des monticules osseux triangulaires dorsalement sur les deuxième à quatrième crêtes supérieures du tronc. En revanche, H. pontohi possède une paire de grandes épines tronquées se projetant fortement latéralement sur les première et deuxième crêtes supérieures du tronc, suivies de surfaces planes dorsalement sur les troisième et quatrième anneaux supérieurs du tronc. La nouvelle espèce peut être davantage différenciée par divergence génétique de H. pontohi (une distance p non corrigée de 10.1 % dans le gène COI mitochondrial) et un motif en treillis blanc et brun réticulé saisissant sur la tête, le tronc et la queue. Hippocampe japapigu sp. n.m. représente la cinquième espèce d'hippocampe pygmée enregistrée au Japon